Obstarávanie

Súprava kitov na prípravu genomických a cielene obohatených sekvenačných knižníc pre NGS sekvenovanie


Detaily obstarávania

Obstarávateľ:
Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova lekárska fakulta Martin
Typ obstarávania:
Tovary
EU fondy:
Nie
Odhadovaná suma(Bez DPH):
40 600,00
Konečná suma(Bez DPH):
36 909,09
Zaplatené:
90.9%
Mena:
EUR
Hlavný CPV kód:
33694000-1
Elektronická aukcia:
Neuvedené
Opcie:
Neuvedené
Rámcová dohoda:
Nie
Použitý postup:
§ 110 ZVO
Jednotka:
Kompletný predmet zákazky
Množstvo:
1.0
Počet uzavretých zmlúv:
1

Ponuky vyhodnotené podľa

Kritérium:
Cena bez DPH

Opis obstarávania

Funkčná špecifikácia

Identifikácia a stanovenie sekvencie molekúl DNA na celogenómovej úrovni a s cieleným vychytávaním molekúl asociovaných s nádorovými ochoreniami; - súprava kitov umožní prípravu NGS knižníc z DNA vzoriek získaných z rôznych druhov biologického materiálu – cirkulujúca DNA získaná z plazmy, DNA izolovaná z FFPE bločkov, DNA z čerstvého tkaniva, DNA z krvi; - súprava kitov bude preukázateľne schopná zabezpečiť kompletnú prípravu celogenómových aj cielene obohatených NGS knižníc od izolovanej DNA až po NGS knižnicu pripravenú na nanesenie do sekvenačnej kartridže; - čas prípravy knižníc (celogenómových aj cielene obohatených) od izolovanej DNA do kvalitatívne a kvantitatívne overenej NGS knižnice vhodnej na nanesenie do sekvenačnej kartridže menej ako 12 hodín; - celogenómové knižnice bude možné pripraviť zo vstupného množstva DNA od 100 ng, vstupným materiálom bude už fragmentovaná DNA, priemerná veľkosť finálnej knižnice bude do 350 bp, predpokladaný počet vzoriek určených na celogenómové sekvenovanie je minimálne 270; - obohacovací kit umožní pripraviť NGS knižnice s obohatením požadovaných / vybraných cieľových oblastí genómu použitím zadávateľom navrhnutého dizajnu / panelu génov v rozsahu do 499 kbp, predpokladaný počet analyzovaných vzoriek je minimálne 96; - obohacovací kit bude umožňovať pokrytie cieľových nukleotidov dizajnu až 5 rozdielnymi vychytávacími próbami; - obohacovací kit bude umožňovať definovanie rôznej úrovne stringencie návrhu vychytávacích prób s ohľadom na výskyt repetícií v cieľových genomických oblastiach pre zabezpečenie maximalizácie ich kompletného pokrytia; - obohacovací kit bude umožňovať výber dizajnu s minimalizáciou dopadu prítomnosti GC-bohatých úsekov v cieľovej oblasti, ktorá má byť NG sekvenovaním pokrytá; - súprava kitov umožní spájanie jednotlivých vzoriek / multiplexnú analýzu minimálne 1-96 vzoriek v rámci jedného NGS behu; - všetky knižnice budú vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq, NextSeq, HiSeq); - dodávateľ obohacovacieho kitu dodá spolu s kitom analyzačné podklady (záznam z protokolu preukazujúcim funkčnosť zadávateľom definovaného dizajnu s ohľadom na prípravu NGS knižnice, informácia z dizajnu o pokrytí / nepokrytí cieľových sekvencií, súbor formátu „bed“ pre následnú softvérovú pre analýzu dát); - dodávateľ obohacovacieho kitu dodá zadávateľovi softvér umožňujúci import informácií potrebných k analýze NGS dát z cielene obohatených knižníc, analýzu získaných dát ako kvalitatívneho tak aj kvantitatívneho pohľadu (detekcia variant typu SNP, CNV, LOH, InDel) a anotáciu výsledkov identifikácie variant s využitím minimálne verejne dostupných databáz COSMIC a ClinVar

Technická špecifikácia textová

Technická špecifikácia číselná

Technické vlastnosti: TruSeq Nano DNA HT Library Preparation Kit, 96, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 3; Technické vlastnosti: SureSelectXT Reagent Kit, 96 , Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: SureSelectXT Custom 1Kb-499kb library, 96 samples, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1

Zoznam uzavretých zmlúv ku obstarávaniu

Ak je viac zmlúv ku jednému obstarávaniu platí nasledovné: V prípade, že sumy na jednotlivých zmluvách sa zhodujú navzájom a aj s celkovou sumou za obstarávanie, s najväčšou pravdepodobnosťou sa v čase uverejnenia ešte nevedelo presné rozdelenie súm pre jednotlivých dodávateľov, alebo sú zle vyplnené vo vestníku.
Dodávateľ Spomedzi uchádzačov Suma kontraktu DPH Mena Dátum uzavretia kontraktu Detaily
Hermes LabSystems, s.r.o. 1 40 600,00 10% EUR 8. November 2016 123213

Zoznam dokumentov ku obstarávaniu

Všetky dokumenty sú spárované podla čísla obstarávania z portálu UVO. V prípade, že sa jedná o rozdelené obstarávanie, môžu byť zobrazené všetky súvisiace dokumenty.
Žiadne dokumenty neboli nájdené!

Zoznam výsledkov obstarávaní

Pozor! Konečná suma je vypočítaná ako celková hodnota uzavretých zmlúv (po odpočítaní DPH) v rámci obstarávania. Ak nie sú správne vyplnené jednotlivé sumy, či DPH ku zmluvám vo vestníku, celková suma a aj pomer v % bude nesprávny. Všetky výpočty sú len informatívne.
Názov obstarávania Obstarávateľ Odhadovaná suma (Bez DPH) Konečná suma (Bez DPH) Zaplatené Mena Rok Typ EU fondy Počet zmlúv Úspešné

Zoznam vyhlásených obstarávaní

Názov obstarávania Obstarávateľ Suma obstarávania Suma obstarávania_hidden Mena Dátum zverejnenia Lehota na predkladanie ponúk EU fondy DT_hidden Lehota_hidden

Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania

Vyhľadávač poskytuje full-text vyhľadávanie v dokumentoch, ktoré boli priložené ku aktuálnemu obstarávaniu. Z dôvodu kolísavej kvality vstupných dokumentov za správnosť údajov strojového spracovania neručíme. V prípade rámcovej zmluvy, či rozdeleného obstarávania môže jeden dokument patriť viacerým obstarávaniam.

Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania je prémiová funkcia dostupná pri podpore 8 a viac eur mesačne na portáli Patreon. V prípade, že už ste podporovateľ, prihláste sa a funkcia sa vám odomkne.