Identifikácia a stanovenie sekvencie molekúl DNA na celogenómovej úrovni a s cieleným vychytávaním molekúl asociovaných s nádorovými ochoreniami; - súprava kitov umožní prípravu NGS knižníc z DNA vzoriek získaných z rôznych druhov biologického materiálu – cirkulujúca DNA získaná z plazmy, DNA izolovaná z FFPE bločkov, DNA z čerstvého tkaniva, DNA z krvi; - súprava kitov bude preukázateľne schopná zabezpečiť kompletnú prípravu celogenómových aj cielene obohatených NGS knižníc od izolovanej DNA až po NGS knižnicu pripravenú na nanesenie do sekvenačnej kartridže; - čas prípravy knižníc (celogenómových aj cielene obohatených) od izolovanej DNA do kvalitatívne a kvantitatívne overenej NGS knižnice vhodnej na nanesenie do sekvenačnej kartridže menej ako 12 hodín; - celogenómové knižnice bude možné pripraviť zo vstupného množstva DNA od 100 ng, vstupným materiálom bude už fragmentovaná DNA, priemerná veľkosť finálnej knižnice bude do 350 bp, predpokladaný počet vzoriek určených na celogenómové sekvenovanie je minimálne 270; - obohacovací kit umožní pripraviť NGS knižnice s obohatením požadovaných / vybraných cieľových oblastí genómu použitím zadávateľom navrhnutého dizajnu / panelu génov v rozsahu do 499 kbp, predpokladaný počet analyzovaných vzoriek je minimálne 96; - obohacovací kit bude umožňovať pokrytie cieľových nukleotidov dizajnu až 5 rozdielnymi vychytávacími próbami; - obohacovací kit bude umožňovať definovanie rôznej úrovne stringencie návrhu vychytávacích prób s ohľadom na výskyt repetícií v cieľových genomických oblastiach pre zabezpečenie maximalizácie ich kompletného pokrytia; - obohacovací kit bude umožňovať výber dizajnu s minimalizáciou dopadu prítomnosti GC-bohatých úsekov v cieľovej oblasti, ktorá má byť NG sekvenovaním pokrytá; - súprava kitov umožní spájanie jednotlivých vzoriek / multiplexnú analýzu minimálne 1-96 vzoriek v rámci jedného NGS behu; - všetky knižnice budú vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq, NextSeq, HiSeq); - dodávateľ obohacovacieho kitu dodá spolu s kitom analyzačné podklady (záznam z protokolu preukazujúcim funkčnosť zadávateľom definovaného dizajnu s ohľadom na prípravu NGS knižnice, informácia z dizajnu o pokrytí / nepokrytí cieľových sekvencií, súbor formátu „bed“ pre následnú softvérovú pre analýzu dát); - dodávateľ obohacovacieho kitu dodá zadávateľovi softvér umožňujúci import informácií potrebných k analýze NGS dát z cielene obohatených knižníc, analýzu získaných dát ako kvalitatívneho tak aj kvantitatívneho pohľadu (detekcia variant typu SNP, CNV, LOH, InDel) a anotáciu výsledkov identifikácie variant s využitím minimálne verejne dostupných databáz COSMIC a ClinVar
Technické vlastnosti: TruSeq Nano DNA HT Library Preparation Kit, 96, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 3; Technické vlastnosti: SureSelectXT Reagent Kit, 96 , Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1; Technické vlastnosti: SureSelectXT Custom 1Kb-499kb library, 96 samples, Jednotka: ks, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: 1
Dodávateľ | Spomedzi uchádzačov | Suma kontraktu | DPH | Mena | Dátum uzavretia kontraktu | Detaily |
---|---|---|---|---|---|---|
Hermes LabSystems, s.r.o. | 1 | 40 600,00 | 10% | EUR | 8. November 2016 |
Názov obstarávania | Obstarávateľ | Odhadovaná suma (Bez DPH) | Konečná suma (Bez DPH) | Zaplatené | Mena | Rok | Typ | EU fondy | Počet zmlúv | Úspešné |
---|
Názov obstarávania | Obstarávateľ | Suma obstarávania | Suma obstarávania_hidden | Mena | Dátum zverejnenia | Lehota na predkladanie ponúk | EU fondy | DT_hidden | Lehota_hidden |
---|
Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania je prémiová funkcia dostupná pri podpore 8 a viac eur mesačne na portáli Patreon. V prípade, že už ste podporovateľ, prihláste sa a funkcia sa vám odomkne.