Obstarávanie

Kit na prípravu NGS knižníc


Detaily obstarávania

Obstarávateľ:
Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova lekárska fakulta Martin
Typ obstarávania:
Tovary
EU fondy:
Nie
Odhadovaná suma(Bez DPH):
24 500,00
Konečná suma(Bez DPH):
20 037,50
Zaplatené:
81.78%
Mena:
EUR
Hlavný CPV kód:
33694000-1
Elektronická aukcia:
Neuvedené
Opcie:
Neuvedené
Rámcová dohoda:
Nie
Použitý postup:
§ 110 ZVO
Jednotka:
Kompletný predmet zákazky
Množstvo:
1.0
Počet uzavretých zmlúv:
1

Ponuky vyhodnotené podľa

Kritérium:
Cena bez DPH

Opis obstarávania

Funkčná špecifikácia

príprava vzoriek pre cielené resekvenovanie genomických oblastí 118 génov, ktorých patologické varianty sú asociované s geneticky determinovanými formami poruchy sluchu; Kit na prípravu NGS knižníc využívajúci cielené obohatenie cieľových úsekov vychytávaním oligonuklotidovými próbami – 3 sady; Kit na prípravu NGS knižníc - G9681A SureSelectQXT Reagent Kit, 16 samples- kit umožní prípravu NGS knižníc zo vzoriek DNA získaných izoláciou z krvi- kit bude fungovať na princípe enzymatickej fragmentácie vzoriek analyzovaných DNA; - kit bude preukázateľne schopný zabezpečiť prípravu NGS knižnice zo vstupného množstva DNA od 50 ng- čas prípravy knižnice od izolovanej DNA do kvalitatívne a kvantitatívne overenej NGS knižnice vhodnej na nanesenie do sekvenačnej kartridže menej ako 12 hodín- kit umožní spájanie jednotlivých vzoriek / multiplexnú analýzu minimálne 1-24 vzoriek v rámci jedného NGS behu; kit / súprava kitov bude postačovať na predprípravu vzoriek pre prípravu sekvenačných knižníc minimálne 48 DNA vzoriek- pripravené knižnice budú následne vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq)- vyžaduje sa štandardným protokolom podložená kompatibilita s „Kitom na cielené obohatenie cieľových úsekov“; Kit na cielené obohatenie cieľových úsekov 03 5190-4816 SureSelectXT Custom 0.5-2.9Mb library, 16 samples- kit bude obsahovať zadávateľom definovaný set prób / vlastný panel génov pokrývajúci viac ako 499 kbp a menej ako 2,99 Mbp cieľových genomických oblastí, - kit bude umožňovať pokrytie cieľových oblastí dizajnu minimálne 3 rozdielnymi vychytávacími próbami; - kit bude umožňovať definovanie rôznej úrovne stringencie návrhu vychytávacích prób s ohľadom na výskyt repetícií v cieľových genomických oblastiach pre zabezpečenie maximalizácie ich kompletného pokrytia- kit bude umožňovať výber dizajnu s minimalizáciou dopadu prítomnosti GC- bohatých úsekov v cieľovej oblasti, ktorá má byť NG sekvenovaním pokrytá; knižnice budú vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq)- možnosť objednať kit v škále pre rutinné analýzy (16-vzoriek / kit) aj v škále umožňujúcej prípravu malých sérií vzoriek, do 20 vzoriek, pre potrebu optimalizácie zadávateľom definovaného génového panelu- kit / súprava kitov bude postačovať na finálnu prípravu sekvenačných knižníc minimálne 48 DNA vzoriek; - kit umožní selektívne obohatenie vychytávacími próbami pre kódujúce oblasti 118 génov podľa zoznamu priloženého k špecifikácii, pričom okrem exónových oblastí budú zachytené vychytávacími próbami aj 5´-UTR, 3´-UTR úseky a oblasti 25 báz pred a za exónmi, pričom bude dosiahnuté minimálne 99% pokrytie cieľových oblastí uvedených génov sumárne a jednotlivo nesmie pokrytie cieľových sekvencií klesnúť pod 90%- kit bude preukázateľne schopný zabezpečiť prípravu NGS knižnice zo vstupného množstva DNA od 50 ng; - kit umožní selektívne obohatenie vychytávacími próbami pre kódujúce oblasti 118 génov podľa zoznamu priloženého k špecifikácii (Príloha č.1), pričom okrem exónových oblastí budú zachytené vychytávacími próbami aj 5´-UTR, 3´-UTR úseky a oblasti 25 báz pred a za exónmi, pričom bude dosiahnuté minimálne 99% pokrytie cieľových oblastí uvedených génov sumárne a jednotlivo nesmie pokrytie cieľových sekvencií klesnúť pod 90%; kit / súprava kitov bude postačovať na predprípravu vzoriek pre prípravu sekvenačných knižníc minimálne 48 DNA vzoriek- kit bude umožňovať pokrytie cieľových oblastí dizajnu minimálne 3 rozdielnymi vychytávacími próbami- pripravené NGS knižnice budú vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq); Príloha č.1 03 5190-4816 SureSelectXT Custom 0.5-2.9Mb library. Gény 1-30:1 ADCY1; 2 WFS1; 3 STRC; 4 MT-RNR1; 5 ILDR1; 6 ACTG1; 7 ATP2B2; 8 DSPP; 9 CIB2; 10 MTO1; 11 CDH23; 12 COCH; 13 CLRN1; 14 GTPBP3; 15 MYO6; 16 MYO3A; 17 TMIE; 18 LRTOMT; 19 SIX5; 20 MYH9; 21 GRHL2; 22 TIMM8A; 23 PTPRQ; 24 LHFPL5; 25 CATSPER2; 26 SIX1; 27 CLPP; 28 SMPX; 29 TFB1M; 30 PRPS1;; Gény 31-60: 31 DIAPH1; 32 PNPT1; 33 DIAPH3; 34 GIPC3; 35 KARS; 36 MIR182; 37 MYO15A; 38 MIR183; 39 HARS2; 40 DIABLO; 41 TECTA; 42 MYO1A; 43 GRXCR2; 44 ESRRB; 45 GRXCR1;; 46 ALMS1; 47 PCDH15; 48 HGF; 49 HOMER1; 50 OTOGL; 51 TBC1D24; 52 SYNE4; 53 PDZD7; 54 MT-TS1; 55 LOXHD1; 56 EPS8; 57 P2RX2; 58 MYH14; 59 FOXI1; 60 CACNA1D;; Gény 61-90: 61 CRYM; 62 TPRN; 63 USH1G; 64 MYO7A; 65 KCNJ10; 66 DFNB31; 67 CRYL1; 68 KCNQ4; 69 CEACAM16; 70 POU4F3; 71 COL11A2; 72 COL11A1; 73 KCNQ1; 74 USH2A; 75 AIFM1;; 76 GPR98; 77 SLC26A4; 78 CCDC50; 79 EYA4; 80 BSND; 81 EYA1; 82 SLC26A5; 83 SERPINB6; 84 CLIC5; 85 OTOF; 86 OTOG; 87 USH1C; 88 OTOA; 89 TRIOBP; 90 TSPEAR;; Gény 91-118: 91 CABP2; 92 TNC; 93 BDP1; 94 COL2A1; 95 RDX; 96 CLDN14; 97 ESPN; 98 COL9A1; 99 ELMOD3; 100 COL9A2; 101 MARVELD2; 102 POU3F4; 103 KCNE1; 104 GPSM2; 105 DFNB59;; 106 HSD17B4; 107 DFNA5; 108 TRMU; 109 GJB3; 110 TMC1; 111 LARS2; 112 GJB6; 113 TMPRSS3; 114 MSRB3; 115 GJB2; 116 SLC17A8; 117 MIR96; 118 TJP2;

Technická špecifikácia textová

Technická špecifikácia číselná

Zoznam uzavretých zmlúv ku obstarávaniu

Ak je viac zmlúv ku jednému obstarávaniu platí nasledovné: V prípade, že sumy na jednotlivých zmluvách sa zhodujú navzájom a aj s celkovou sumou za obstarávanie, s najväčšou pravdepodobnosťou sa v čase uverejnenia ešte nevedelo presné rozdelenie súm pre jednotlivých dodávateľov, alebo sú zle vyplnené vo vestníku.
Dodávateľ Spomedzi uchádzačov Suma kontraktu DPH Mena Dátum uzavretia kontraktu Detaily
Hermes LabSystems, s.r.o. 1 24 045,00 20% EUR 2. November 2016 122440

Zoznam dokumentov ku obstarávaniu

Všetky dokumenty sú spárované podla čísla obstarávania z portálu UVO. V prípade, že sa jedná o rozdelené obstarávanie, môžu byť zobrazené všetky súvisiace dokumenty.
Žiadne dokumenty neboli nájdené!

Zoznam výsledkov obstarávaní

Pozor! Konečná suma je vypočítaná ako celková hodnota uzavretých zmlúv (po odpočítaní DPH) v rámci obstarávania. Ak nie sú správne vyplnené jednotlivé sumy, či DPH ku zmluvám vo vestníku, celková suma a aj pomer v % bude nesprávny. Všetky výpočty sú len informatívne.
Názov obstarávania Obstarávateľ Odhadovaná suma (Bez DPH) Konečná suma (Bez DPH) Zaplatené Mena Rok Typ EU fondy Počet zmlúv Úspešné

Zoznam vyhlásených obstarávaní

Názov obstarávania Obstarávateľ Suma obstarávania Suma obstarávania_hidden Mena Dátum zverejnenia Lehota na predkladanie ponúk EU fondy DT_hidden Lehota_hidden

Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania

Vyhľadávač poskytuje full-text vyhľadávanie v dokumentoch, ktoré boli priložené ku aktuálnemu obstarávaniu. Z dôvodu kolísavej kvality vstupných dokumentov za správnosť údajov strojového spracovania neručíme. V prípade rámcovej zmluvy, či rozdeleného obstarávania môže jeden dokument patriť viacerým obstarávaniam.

Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania je prémiová funkcia dostupná pri podpore 8 a viac eur mesačne na portáli Patreon. V prípade, že už ste podporovateľ, prihláste sa a funkcia sa vám odomkne.