Obstarávanie

Sekvenácia špecifických DNA úsekov v spojitosti s karcinómom prostaty


Detaily obstarávania

Obstarávateľ:
Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova lekárska fakulta Martin
Typ obstarávania:
Tovary
EU fondy:
Nie
Odhadovaná suma(Bez DPH):
2 833,00
Konečná suma(Bez DPH):
2 360,83
Zaplatené:
83.33%
Mena:
EUR
Hlavný CPV kód:
24960000-1
Elektronická aukcia:
Neuvedené
Opcie:
Neuvedené
Rámcová dohoda:
Nie
Použitý postup:
§ 110 ZVO
Jednotka:
Kompletný predmet zákazky
Množstvo:
1.0
Počet uzavretých zmlúv:
1

Ponuky vyhodnotené podľa

Kritérium:
Cena bez DPH

Opis obstarávania

Funkčná špecifikácia

1. NGS servis zahŕňa CE-IVD bioinformatickú analýzu sekvencií 111 génov, ktoré sú spojené s rôznymi formami dedičných onkologických ochorení ako sú rakovina prsníkov, rakovina vaječníkov, rakovina čriev, familiárna adenomatózna polypóza, hamartomatózna polypóza, juvenilná polypóza, Peutzov-Jeghersov syndróm, Cowdenov syndróm, Bannayan-Riley-Ruvalcaba syndróm, Fanconiho anémia a rakovina endokrinných tkanív použitím Onco-GeneSGKit s certifikátom CE-IVD, ISO13485 a AENOR pod reg. číslom GS-0001/2015 a sekvenčnej technológie Illumina.; 2. Výsledky analýz jednotlivých vzoriek DNA poskytujú minimálne pokrytie cieľových génov 200x, pričom vylučujú čítanie mimo cieľových génov tzv. „off targets“ a čítanie zodpovedajúce duplicitám PCR, ktoré by mohli zvýšiť počet falošne pozitívnych výsledkov. Minimálne 98% zo 111 cieľových génov je pokrytých najmenej 20x. Sondy použité pri hybridizácii majú dĺžku 120nt, čím je garantovaná vysoko špecifická hybridizácia počas NGS analýzy.; 3. Zoznam génov obsiahnutých v NGS analýze vzoriek: ACD,AIP,APC,ATM,ATR,AXIN2,BAP1,BARD1,BLM,BMPR1A,BRCA1,BRCA2,BRIP1,BUB1,CDH1,CDK4,CDKN1B,CDKN2A,CHEK2,DDB2,DICER1,DIS3L2,DKC1,ELANE,EPAS1,EPCAM,ERCC1,ERCC2,ERCC3,ERCC4,ERCC5,ERCC6,FANCA,FANCB,FANCC,FANCD2,FANCE,FANCF,FANCG,FANCI,FANCL,FANCM,FH,FLCN,G6PC3,GFI1,GREM1,HOXB13,JAGN1,KIF1B,KIT,MAX,MDH2,MEN1,MET,MITF,MLH1,MNX1,MSH2,MSH6,MSR1,MUTYH,NBN,NF2,NFIX,NHP2,NOP10,NSD1,NTHL1,PALB2,PARN,PDGFRA,PMS1,POLD1,POLE;; POLH,POT1,PRKAR1A,PTCH1,PTEN,RAD50,RAD51,RAD51C,RAD51D,RB1,RECQL,RECQL4,RET,RTEL1,SCG5,SLX4SMAD4,SMARCA4,STK11,SUFU,TERC,TERT,TINF2,TMEM127,TP53,TSC1, TSC2, UBE2T, VHL, VPS45, WAS, WRN, WT1, XPA, XPC, XRCC2.; 4. V NGS CE-IVD službe je minimálne zahrnuté:1. Doprava vzoriek do laboratória podľa medzinárodných kritérií pri preprave ľudských vzoriek a všetky poplatky spojené s ich manipuláciou2. Kontrolu kvality vzoriek DNA.3. Prípravu knižnice s identifikáciou vzoriek 11 až 15.4. Zachytenie požadovaných oblastí záujmu (111 génov) hybridizáciou pomocou certifikovaného kitu CE-IVD Onco-GeneSGKit.5. Generovanie klastra a sekvencií v HiSeq2500 tzv. „pair-ends“ stratégiou 2x100.6. Bioinformatickú analýzu vychádzajúcu z aktuálnej verzie genómu Hg38, ktorá zahŕňa:; 5. Kontrolu kvality vygenerovaných údajov na identifikáciu odchýlok počas procesu sekvenovania, ktoré môžu interferovať s identifikáciou variantov vo vzorkách.; 6. Zoskupenie čítania vo vzťahu k najnovšej verzii referenčného ľudského genómu Hg38.; 7. Analýzu citlivosti a špecificity pre jednotlivé vzorky DNA.; 8. Identifikáciu variantov použitím kombinácie najmodernejších algoritmov pri hľadaní sporadických variantov a malých indelov.; 9. Vysvetlenie identifikovaných variantov pomocou najrelevantnejších verejných databáz ako sú Ensemble, 1000Genomes, HGMD, dbSNP, RefSeq, InterPro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar a ExAC.; 10. Predikciu dôsledkov jednotlivých variantov detegovaných na úrovni transkripcie a proteínu.; 11. Prístup k GeneSystems© platforme , ktorá je CE-IVD, poskytuje zoskupené ako aj raw údaje, a ktorá umožňuje prepojenie na najnovšie verejné a súkromné databázy pre interpretáciu variantov, konkrétne Ensemble, 1000Genomes, HGMD, dbSNP, RefSeq, InterPro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar a ExAC. V rámci platformy sú dostupné aj informácie o stupni ochrany, patogénnosti prediktorov „in silico“ a sprievodných regiónoch. Všetky údaje na GeneSystems© platforme sú z dôvodu ochrany údajov šifrované.

Technická špecifikácia textová

Technická špecifikácia číselná

Technické vlastnosti: Služba sekvenácie, Jednotka: Set vzoriek testov, Minimum: , Maximum: , Presná hodnota: Počet testov 5

Zoznam uzavretých zmlúv ku obstarávaniu

Ak je viac zmlúv ku jednému obstarávaniu platí nasledovné: V prípade, že sumy na jednotlivých zmluvách sa zhodujú navzájom a aj s celkovou sumou za obstarávanie, s najväčšou pravdepodobnosťou sa v čase uverejnenia ešte nevedelo presné rozdelenie súm pre jednotlivých dodávateľov, alebo sú zle vyplnené vo vestníku.
Dodávateľ Spomedzi uchádzačov Suma kontraktu DPH Mena Dátum uzavretia kontraktu Detaily
VIAGENE s.r.o. 1 2 833,00 20% EUR 28. November 2018 243915

Zoznam dokumentov ku obstarávaniu

Všetky dokumenty sú spárované podla čísla obstarávania z portálu UVO. V prípade, že sa jedná o rozdelené obstarávanie, môžu byť zobrazené všetky súvisiace dokumenty.
Žiadne dokumenty neboli nájdené!

Zoznam výsledkov obstarávaní

Pozor! Konečná suma je vypočítaná ako celková hodnota uzavretých zmlúv (po odpočítaní DPH) v rámci obstarávania. Ak nie sú správne vyplnené jednotlivé sumy, či DPH ku zmluvám vo vestníku, celková suma a aj pomer v % bude nesprávny. Všetky výpočty sú len informatívne.
Názov obstarávania Obstarávateľ Odhadovaná suma (Bez DPH) Konečná suma (Bez DPH) Zaplatené Mena Rok Typ EU fondy Počet zmlúv Úspešné

Zoznam vyhlásených obstarávaní

Názov obstarávania Obstarávateľ Suma obstarávania Suma obstarávania_hidden Mena Dátum zverejnenia Lehota na predkladanie ponúk EU fondy DT_hidden Lehota_hidden

Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania

Vyhľadávač poskytuje full-text vyhľadávanie v dokumentoch, ktoré boli priložené ku aktuálnemu obstarávaniu. Z dôvodu kolísavej kvality vstupných dokumentov za správnosť údajov strojového spracovania neručíme. V prípade rámcovej zmluvy, či rozdeleného obstarávania môže jeden dokument patriť viacerým obstarávaniam.

Vyhľadávač v dokumentoch obstarávania je prémiová funkcia dostupná pri podpore 8 a viac eur mesačne na portáli Patreon. V prípade, že už ste podporovateľ, prihláste sa a funkcia sa vám odomkne.