Funkčná špecifikácia
ATF3-F primer – syntetizovaný oligonukleotid (primer) využiteľný na amplifikáciu vybraných úsekov + vlákna ľudského génu ATF3 počas polymerázovej reťazovej reakcie a jej modifikácii. Produkt PCR reakcie musí byť následne využiteľný v metylačných analýzach typu MS-HRM. Primer musí mať dĺžku 28 báz a obsahovať sekvenciu AGGTTAGATATGTATTGGAGTTTTAGAT, bez modifikácie na 5´ alebo 3´konci, odsolený, s koncentráciou 0,2 µM - 1 kus; ATF3-R primer - syntetizovaný oligonukleotid (primer) využiteľný na amplifikáciu vybraných úsekov + vlákna ľudského génu ATF3 počas polymerázovej reťazovej reakcie a jej modifikácii. Produkt PCR reakcie musí byť následne využiteľný v metylačných analýzach typu MS-HRM. Primer musí mať dĺžku 25 báz a obsahovať sekvenciu CACAAAACAACCAACAACTATTACT, bez modifikácie na 5´ alebo 3´konci, odsolený, s koncentráciou 0,2 µM - 1 kus; CTGF – F primer - syntetizovaný oligonukleotid (primer) využiteľný na amplifikáciu vybraných úsekov + vlákna ľudského génu CTGF počas polymerázovej reťazovej reakcie a jej modifikácii. Produkt PCR reakcie musí byť následne využiteľný v metylačných analýzach typu MS-HRM. Primer musí mať dĺžku 20 báz a obsahovať sekvenciu GGGGAAGAGTTGTTGTGTGA, bez modifikácie na 5´ alebo 3´konci, odsolený, s koncentráciou 0,2 µM - 1 kus; CTGF – R primer - syntetizovaný oligonukleotid (primer) využiteľný na amplifikáciu vybraných úsekov - vlákna ľudského génu CTGF počas polymerázovej reťazovej reakcie a jej modifikácii. Produkt PCR reakcie musí byť následne využiteľný v metylačných analýzach typu MS-HRM. Primer musí mať dĺžku 28 báz a obsahovať sekvenciu TCCCTATTTATATAAAACTCCATTCAAC, bez modifikácie na 5´ alebo 3´konci, odsolený, s koncentráciou 0,2 µM - 1 kus; TIMP3-F primer – syntetizovaný oligonukleotid (primer) využiteľný na amplifikáciu vybraných úsekov + vlákna ľudského génu TIMP3 počas polymerázovej reťazovej reakcie a jej modifikácii. Produkt PCR reakcie musí byť následne využiteľný v metylačných analýzach typu MS-HRM. Primer musí mať dĺžku 25 báz a obsahovať sekvenciu TGGTTTGGGTTAGAGATATTTAGTG, bez modifikácie na 5´ alebo 3´konci, odsolený, s koncentráciou 0,2 µM - 1 kus; TIMP3-R primer - syntetizovaný oligonukleotid (primer) využiteľný na amplifikáciu vybraných úsekov - vlákna ľudského génu TIMP3 počas polymerázovej reťazovej reakcie a jej modifikácii. Produkt PCR reakcie musí byť následne využiteľný v metylačných analýzach typu MS-HRM. Primer musí mať dĺžku 26 báz a obsahovať sekvenciu TTCAAATCCTTATAAAAAATAATACC, bez modifikácie na 5´ alebo 3´konci, odsolený, s koncentráciou 0,2 µM - 1 kus; Epitect HRM PCR kit – kit určený na detekciu a kvantifikáciu CpG metylácie v bisulfidom modifikovanej DNA pomocou vysoko-rozlišovacej analýzy kriviek topenia. Kit predstavuje zmes obsahujúcu fluorescenčnú farbičku EvaGreen, optimalizovaný HRM pufor, HotStartTaq Plus DNA polymerázu a deoxynukleotidy. Kit musí byť kompatibilný so zariadením LightCycler 480 - 1 kus (s kapacitou 100 reakcií); TaqMan® Gene Expression Master Mix – Mastermix (1kus s objemom 5ml) obsahujúci AmpliTaq Gold® DNA Polymerázu, Uracil-Dna glykozylázu na minimalizáciu PCR kontaminácie a pasívnu internú referenciu založenú na ROX farbičke. S využitím mastermixu musí byť možné dostatočne kvalitatívne aj kvantitatívne amplifikovať cDNA počas Real-time PCR zameranej primárne na sledovanie zmien expresie s využitím TaqMan esejí. Mastermix musí byť kompatibilný so zariadením Applied Biosystem 7500 resp. Applied Biosystem 7500 fast - 1 kus
Technická špecifikácia textová
Technická špecifikácia číselná
